User Tools

Site Tools


zpradat:advanced-temp

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

zpradat:advanced-temp [2014/04/25 13:00] (current)
Line 1: Line 1:
 +====== 6. Pokročilejší analýzy ======
 +
 +===== Cvičení 6.1 Vliv vegetace a prostředí na druhové složení suchozemských plžů =====
 +
 +  - Použijte data z [[cs:​data:​spring-fens|karpatských slatin]], konkrétně data o druhovém složení suchozemských plžů ({{:​data:​molluscs-fens.txt}},​ proměnná ''​moll''​) a cévnatých rostlin ({{data:​vascular-fens.txt}},​ proměnná ''​vasc''​) a matici měřených faktorů prostředí ({{data:​env-fens.txt}},​ proměnná ''​env'',​ zahrnující chemický rozbor vody odebrané na jednotlivých lokalitách). Na stránkách datového souboru si prostudujte stručný popis dat, ať máte představu, s čím budete pracovat.
 +
 +  - Data naimportujte,​ matici druhového složení plžů zlogaritmujte (obsahuje počty) a aplikujte na ni Hellingerovu transformaci (budeme ji používat v RDA).
 +  - Abychom mohli studovat vliv druhového složení vegetace na druhové složení plžů, potřebujeme z vegetace vyextrahovat proměnné, které bychom pak mohli použít jako vysvětlující v analýze s plži. Jednou z možností je použít ordinační osy z nepřímé ordinace na vegetačních datech, které reprezentují hlavní gradienty v druhovém složení vegetace. Na vegetačních datech proto
 +      - spočtěte DCA a rozhodněte se, jestli na ně aplikujete lineární nebo unimodální metodu nepřímé ordinace (PCA nebo CA);
 +      - vypočtěte PCA nebo CA a pomocí funkce [[cs:​numecolr:​evplot|evplot]] zjistěte, které z ordinačních os nesou důležitou informaci (použijte kritérium zlomené hole, broken stick);
 +      - vytvořte matici, ve které budou skóre jednotlivých ploch na těchto důležitých ordinačních osách - tyto nově vzniklé proměnné následně použijete pro vysvětlení variability v druhovém složení plžů.
 +  - Proveďte rozklad variance (funkcí ''​varpart''​) druhového složení plžů mezi vegetační proměnné (skóre na ordinačních osách z předchozí analýzy) a proměnné prostředí. Nakreslete Vennův diagram. Co je lepší prediktor, vegetace nebo měřené faktory prostředí?​
 +  - Zjednodušte model - proveďte postupný výběr proměnných pomocí funkce ''​forward.sel'',​ která je obsažena v knihovně ''​packfor''​. Postupný výběr proveďte zvlášť na vegetačních proměnných (ordinačních osách) a faktorech prostředí,​ a zachovejte pouze ty, které signifikantně přispívají k vysvětlené variabilitě plžů.
 +  - Znovu proveďte rozklad variance s pouze vybranými proměnnými. Jak se změnila důležitost jednotlivých skupin proměnných?​
 +  - Otestujte signifikanci jednotlivých frakcí (konkrétně frakce [a] a [c], tedy čistá variabilita vysvětlená vegetací po odfiltrování vlivu proměnných prostředí,​ a čistá variabilita vysvětlená prostředím po odčerpání vlivu vegetace).
 +
 +
 +===== Cvičení 6.2 Vliv experimentálního zásahu na změny v druhovém složení vegetace lučního společenstva =====
 +(podle Lepš & Šmilauer 2000)
 +
 +  - Použijte data z experimentální louky na Ohrazení u Českých Budějovic (datový soubor {{zpradat:​data:​ohraz.xls}} a popis [[zpradat:​data:​ohrazeni|zde]]). Jde o experiment prof. Jana Lepše (Šuspy), který byl založený v roce 1994 a trvá dodnes. Experiment sleduje vliv tří zásahů na změny druhového složení lučního společenstva:​ kosení, odstranění dominanty (bezkolence - jde o podmáčenou louku), a hnojení.
 +  - Jde nám o to zjistit, který z těchto tří zásahů má největší vliv na změnu v druhovém složení v průběhu čtyř let od začátku experimentu a které druhy jsou těmito zásahy výrazně ovlivněny.
 +  - Použijte analýzu RDA (data jsou poměrně homogenní) a odmocninově ztransformovaná data. Data standardizujte po snímcích (//Center and standardize by samples > Standardize by total//) - tím se zaměříme na relativní změny v pokryvnostech,​ ne absolutní změny.
 +  - Zajímá nás interakce zásahu a času (proměnná Year, která je kontinuálná a má hodnoty 0-4). Pokud je tato interakce významná, znamená to, že v průběhu let se druhové složení na plochách s daným zásahem posunuje nějakým směrem.
 +  - Vytvořte následující RDA analýzy:
 +    - Mají zásahy v interakci s časem vliv? Vysvětlující proměnné: Year*Mowing,​ Year*Fertil a Year*Removal,​ kovariáty: Year a Plot ID (kategoriální proměnné P1 až P24). 
 +    - Jaký čistý vliv má kosení (v interakci s časem) na vegetaci? Vysvětlující proměnné: Year*Mowing,​ kovariáty: Year*Fertil,​ Year*Removal,​ Year a Plot ID.
 +    - Jaký čistý vliv má hnojení (v interakci s časem) na vegetaci? Vysvětlující proměnné: Year*Fertil,​ kovariáty: Year*Mowing,​ Year*Removal,​ Year a Plot ID.
 +    - Jaký čistý vliv má odstranění dominanty (v interakci s časem) na vegetaci? Vysvětlující proměnné: Year*Removal,​ kovariáty: Year*Mowing,​ Year*Fertil,​ Year a Plot ID.
 +  - Který zásah má největší vliv na druhové složení luční vegetace? ​
 +
 +
 +
  
zpradat/advanced-temp.txt · Last modified: 2014/04/25 13:00 (external edit)