User Tools

Site Tools


zpradat:direct_ordination

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
zpradat:direct_ordination [2015/04/10 05:15]
david [Cvičení 4.2 (rozklad variance)]
zpradat:direct_ordination [2015/04/09 13:00] (current)
Line 11: Line 11:
  
   - Použijte [[zpradat:​data:​removal|experimentální data o vlivu odstranění biomasy na druhové složení semenáčů]] na vlhké louce. Experiment je zaměřen na studium regenerační niky druhů a studuje vliv odstranění opadu, dominanty a mechorostů na klíčení semenáčků. Design experimentu jsou 4 znáhodněné bloky.   - Použijte [[zpradat:​data:​removal|experimentální data o vlivu odstranění biomasy na druhové složení semenáčů]] na vlhké louce. Experiment je zaměřen na studium regenerační niky druhů a studuje vliv odstranění opadu, dominanty a mechorostů na klíčení semenáčků. Design experimentu jsou 4 znáhodněné bloky.
-  - Použijte datový soubor ​[[zpradat:​data:​seedl.xlsx|Seedl.xlsx]], otevřete jej v Excelu a seznamte se s jeho obsahem. Všimněte si, že data jsou uložena v záložkách //​seedlspe//​ (druhová data) a //​seedldesign//​ (data o typu zásahu, příslušnost plochy k jednomu ze čtyř bloků a počty semenáčků),​ a že první řádek v maticích je třeba při importu ingorovat, protože obsahuje popis tabulky. Při načítání tabulky (například s druhy, //​seedlspe//​) je třeba nastavit v kroku //Import from Excel files: Table 1/2// v oddíle //Excel cell areas with data// možnost //The samples (and species names) are in rows 2 to 18//, a dále dole v nabídce //Labels import// možnost //Species names are short (up to 8 characters) only//. Při importu matice //​seedldesign//​ je ještě navíc třeba ohlídat, aby v nabídce //Sample names are// bylo vybráno //short (up to 8 characters) only// ((tím že první proměnná v tabulce je textová (//​treatment//​),​ CANOCO tento sloupeček mylně považuje za dlouhé názvy vzorků a automaticky vybere možnost //both full and short, in this order//)). Po importu si zkontrolujte počet snímků (//cases//) v tabulce - musí jich být u obou matic 16, a počet proměnných (//Vars//) je 23 u druhových dat a 3 u proměnných prostředí. Pokud tato čísla nesedí, něco je špatně.+  - Použijte datový soubor ​{{zpradat:​data:​seedl.xlsx|Seedl.xlsx}}, otevřete jej v Excelu a seznamte se s jeho obsahem. Všimněte si, že data jsou uložena v záložkách //​seedlspe//​ (druhová data) a //​seedldesign//​ (data o typu zásahu, příslušnost plochy k jednomu ze čtyř bloků a počty semenáčků),​ a že první řádek v maticích je třeba při importu ingorovat, protože obsahuje popis tabulky. Při načítání tabulky (například s druhy, //​seedlspe//​) je třeba nastavit v kroku //Import from Excel files: Table 1/2// v oddíle //Excel cell areas with data// možnost //The samples (and species names) are in rows 2 to 18//, a dále dole v nabídce //Labels import// možnost //Species names are short (up to 8 characters) only//. Při importu matice //​seedldesign//​ je ještě navíc třeba ohlídat, aby v nabídce //Sample names are// bylo vybráno //short (up to 8 characters) only// ((tím že první proměnná v tabulce je textová (//​treatment//​),​ CANOCO tento sloupeček mylně považuje za dlouhé názvy vzorků a automaticky vybere možnost //both full and short, in this order//)). Po importu si zkontrolujte počet snímků (//cases//) v tabulce - musí jich být u obou matic 16, a počet proměnných (//Vars//) je 23 u druhových dat a 3 u proměnných prostředí. Pokud tato čísla nesedí, něco je špatně.
   - Na datech spočtěte RDA (druhová data nijak neupravujte - pozor, může se stát že CANOCO zvolí jako výchozí možnost jejich logaritmickou transformaci). Vysvětlující proměnnou bude //​treatment//,​ a příslušnost do bloku bude použita jako kovariáta. Pozor - proměnnou //Block// je třeba před vlastní analýzou konvertovat ve faktor!((V nabídce //Data tables// klikněte na tabulku s proměnnými prostředí,​ a v této tabulce klikněte na záhlaví (C2) sloupečku proměnné //Block// pravým tlačítkem myši. Zvolte možnost //Convert environmental variable '​block'​ into factor//. Faktory jsou v tabulce podbarveny modře.)) Aby bylo možné v přímé ordinaci použít kovariáty, je nutné z nabídky analýz //Canoco adviser: Create new analysis// vybrat //​Constrained partial ...// (dostupná po rozkliknutí //Advanced Constrained Analyses//​).   - Na datech spočtěte RDA (druhová data nijak neupravujte - pozor, může se stát že CANOCO zvolí jako výchozí možnost jejich logaritmickou transformaci). Vysvětlující proměnnou bude //​treatment//,​ a příslušnost do bloku bude použita jako kovariáta. Pozor - proměnnou //Block// je třeba před vlastní analýzou konvertovat ve faktor!((V nabídce //Data tables// klikněte na tabulku s proměnnými prostředí,​ a v této tabulce klikněte na záhlaví (C2) sloupečku proměnné //Block// pravým tlačítkem myši. Zvolte možnost //Convert environmental variable '​block'​ into factor//. Faktory jsou v tabulce podbarveny modře.)) Aby bylo možné v přímé ordinaci použít kovariáty, je nutné z nabídky analýz //Canoco adviser: Create new analysis// vybrat //​Constrained partial ...// (dostupná po rozkliknutí //Advanced Constrained Analyses//​).
   - Pro testování signifikance zvolte //​Unrestricted permutations//​. Tímto použijete tzv. //model based// permutační test, při kterém se permutují residua vzniklá po odstranění variability vysvětlené kovariátami (zde příslušností k bloku). Alternativní možnost by byl //​design-based//​ permutační test, kdy by se permutace odehrávali pouze uvnitř bloků - pro tuto možnost by bylo třeba zaškrtnout políčko //Blocks defined by covariates//​. V tomto příkladě budeme používat první možnost, která je doporučena pro datové soubory s malým počtem vzorků.   - Pro testování signifikance zvolte //​Unrestricted permutations//​. Tímto použijete tzv. //model based// permutační test, při kterém se permutují residua vzniklá po odstranění variability vysvětlené kovariátami (zde příslušností k bloku). Alternativní možnost by byl //​design-based//​ permutační test, kdy by se permutace odehrávali pouze uvnitř bloků - pro tuto možnost by bylo třeba zaškrtnout políčko //Blocks defined by covariates//​. V tomto příkladě budeme používat první možnost, která je doporučena pro datové soubory s malým počtem vzorků.
zpradat/direct_ordination.txt · Last modified: 2015/04/09 13:00 (external edit)